冷冻胚胎移植流程大体可以分为4个步骤：前期准备、内膜准备、胚胎移植、移植后黄体支持。目前常见的FET内膜准备方案有自然周期、促排卵周期、激素替代方案三种。不管是自然周期、促排卵周期，还是激素替代方案都是需要在月经第3-5天开始B超监测，同时给于一定的药物支持，不过不同方案用药的时间有一些不同。
移植冷冻胚胎子宫内膜准备流程
试管婴儿移植冷冻胚胎前需要先进行内膜准备，而子宫内膜准备流程具体要看走什么方案，针对不同的患者各有优势。三种方案的临床妊娠率基本一致，约50%～60%，和新鲜周期移植相比没有差异，医生会根据患者个体情况建议合适的方案。
自然周期
用于月经周期规律，排卵正常的患者，即于月经第3-5天开始用B超监测，于排卵当天开始肌注或口服或阴道用黄体酮。根据冷冻胚胎的种类在排卵后第3-5天移植解冻胚胎，选择2——3个优质胚胎移植。
促排卵周期
于月经第3-5天起口服克罗米芬或来曲唑，服用5天，后期适当补充雌激素以改善子宫内膜条件。B超监测优势卵泡发育，且子宫内膜厚度达8——12mm时，注射HCG，36小时后将会排卵。排卵当天开始肌注或口服或阴道用黄体酮。根据冷冻胚胎的种类在排卵后第3-5天移植解冻胚胎，选择2—3个优质胚胎移植。
促排卵的方案根据个体的情况，不同医院的医生可能会用不同的方案，包括上述克罗米芬+补佳乐方案，克罗米芬+HMG方案，HMG方案等很多种，根据医生的要求进行即可。
激素替代方案
于月经第3-5天开始B超监测，同时给予合适剂量的雌激素，促进子宫内膜生长，共14-16天，B超监测子宫内膜厚度达8——12mm时，开始肌注或口服或阴道用黄体酮。根据冷冻胚胎的种类在排卵后第3-5天移植解冻胚胎，选择2——3个优质胚胎移植。